玻璃酸钠注射后，最常见的副作用主要为疼痛、过敏及关节腔的感染。一般疼痛多见于注射后，玻璃酸钠对于局部软组织的刺激，此种疼痛可以维持2-3天后自行消失。对于维持时间较长的疼痛，可能是由于患者膝关节周围的肌肉处于一种痉挛状态，在注射过程中相对形成刺激。另外可能为过敏，经常表现为发热及瘙痒，而发热经常表现为注射后迅速发热，应与关节腔感染引起的发热进行鉴别。
关节腔注射最罕见的副作用为关节腔的感染，通常在消毒条件较严格的正规医疗机构中很少发生，多见于糖尿病患者，由于血糖比较高、控制不佳，以及癌症、放化疗的患者，或免疫力具有先天 缺陷的人群，此类患者在进行关节腔注射时，应谨慎对待。