真菌性角膜炎是由真菌导致角膜感染引起的一种严重的致盲性角膜疾病，其发生的病因超过50%都与角膜损伤有关，尤其是植物性外伤史，比如在务农的过程当中不慎被草、叶或树枝划伤角膜，就非常容易导致真菌性角膜炎的发生，因此农民群体是感染真菌性角膜炎的高危人群。
另外，角膜局部的因素或全身免疫力的下降，也是导致真菌性角膜炎的高危因素。角膜局部的因素包括既往有眼部的手术史，某些慢性的角膜疾病，比如单纯疱疹病毒性角膜炎、暴露性角膜炎等，或者眼部长期滥用糖皮质激素或抗生素等。而全身免疫力的下降，包括长期应用糖皮质激素、免疫抑制剂，以及糖尿病、肿瘤、HIV感染等。
感染的致病性真菌在我国主要以镰刀菌和曲霉菌为主，其他也包括念珠菌、青霉菌、链格孢霉菌等，另外在免疫力低下的人群当中，还可能感染毛霉菌属。