疱疹性咽峡炎通常是由于细菌感染，特别是链球菌感染引起。患者可以出现咽痛，通常在查体时发现咽部有滤泡样改变，可能出现发热，查体辅助检查，血象可以出现白细胞增高，以及中性白细胞增高，如果查降钙素原也可以有升高。
因为疱疹性咽峡炎通常是由于细菌性感染引起，患者需采用抗生素治疗，可以使用青霉素类，如口服阿莫西林，或者头孢菌素类，包括一代头孢如头孢唑林，二代头孢如头孢呋辛，以及三代的头孢克肟、头孢地尼等，均可以采用。
若静脉滴注药物，患者可以使用头孢类药物，如头孢呋辛、头孢曲松等，均可以治疗疱疹性咽峡炎。