第三脑室向上与双侧侧脑室连接，向下通过中脑导水管与第四脑室连接，周围由间脑构成，包括丘脑、下丘脑等。
第三脑室空间相对狭小，蛛网膜颗粒分泌的脑脊液通过侧脑室、第三脑室、导水管、第四脑室向整个大脑进行循环，循环的脑脊液可对脑部进行保护作用。另外对于第三脑室的病变，包括以下两种：
1、梗阻：患者可出现双侧脑室扩张，进而引起头疼、恶心、视力下降等，通常此类疾病发病较为缓慢；
2、肿瘤：第三脑室肿瘤通常可导致患者突发性意识丧失，可能与体位有关，由于第三脑室肿瘤阻塞脑脊液循环通路 ，从而引起颅内压突然变化，进而导致患者突发性意识丧失。
所以第三脑室是沟通脑脊液循环的重要通道。