月经期时可以进行经腹部超声检查，因为经期憋尿不影响子宫、附件的显示。如果医生需要了解内膜情况，建议避开月经期，因为经期时子宫内膜脱落、出血，将影响内膜值测量。月经由内膜剥脱出血形成，所以经期检查子宫内膜并不清楚。但如果检查其它结构，如子宫、卵巢有无异常，憋尿进行检查则并无影响。另外，需区分是真正月经还是假性月经，如宫外孕患者月经来潮。因此需要由医生判断，如果月经量偏少，而且查血HCG是阳性，建议通过经阴道超声检查排除宫外孕。
月经期时一般选择经腹部超声检查，不选择经阴道超声检查。因为月经期时经血流出，宫颈口微张， 外界容易有细菌、致病菌进入盆腔，导致女性经期免疫力降低，故不建议在月经期时进行阴道超声检查。除非医生怀疑患者存在异位妊娠的可能，此时则可在经期进行此项检查。