并不是所有的胃间质瘤一经发现就需要手术切除，医生会根据肿瘤不同的位置、病理特点进行综合评估，从而决定是否需要手术。
对于直径＜2cm的胃间质瘤，通常称为小GIST，要求达到精准的治疗。胃部小GIST如果合并了不良因素，比如边界不规整、溃疡、强回声和回声不均匀等，建议胃小弯侧、胃后壁、胃食管结合部等部位的间质瘤，进行腹腔镜或内镜切除。如果没有不良因素，可以采取定期随诊观察、复查超声内镜，时间间隔通常在6-12个月，不一定需要进行手术。
而对于直径＞2cm的胃间质瘤，如果是单发病灶，一般首先建议手术切除，再根据术后的病理结 果决定下一步的治疗策略。对于肿瘤比较大、不能完整切除的局限性胃间质瘤，或者接近可切除，或切除风险比较大，或者可能影响重要脏器功能的胃间质瘤，建议患者在手术前进行靶向药物的治疗，治疗有效、肿瘤缩小以后再进行手术。
胃间质瘤极少发生淋巴结转移，因此手术时不需要进行清扫淋巴结。但胃间质瘤很容易出现种植转移，因此手术时要求肿瘤的完整切除，肿瘤破损是重要的危险因素。目前手术治疗方式为肿块完整切除，避免肿瘤破损，尽量保留胃部功能。