会厌囊肿越早手术越好，但会厌囊肿往往是由于局部刺激或炎症引起会厌黏膜下黏液组织积聚，从而逐渐形成囊性病变。病变如果很小，患者没有任何的症状，有时候可以考虑观察不去治疗，或不去进行手术；但是如果病变逐渐增大，可能会导致患者吞咽功能障碍，甚至会引起患者呼吸困难，这时需要通过手术干预，或其它干预手段去除囊肿。
一般如果病变比较小，可以通过支撑喉镜进行病变的切除，病变越小，治疗效果越好；但是如果病变很大，仅通过支撑喉镜，也许不能够达到治疗的目的，或根治手术的目 的，也可以采用开放性手术来进行囊肿的切除。
病变越大对功能影响越大，一旦有会厌囊肿，或者是已经出现相应临床症状，建议到医院专科进行积极检查。一旦发现，如果能够手术治疗，尽量尽早手术治疗；如果病灶非常小，患者不愿意治疗，可以进行严密的观察。一旦有手术需要，还是建议手术切除。