慢性间质性肾炎首先尽可能明确病因，根据病因与病理给予针对性治疗。慢性间质性肾炎是由多种病引起，表现为肾小管功能异常的进展性慢性肾衰竭，以肾小管萎缩、肾间质炎症细胞浸润以及纤维化病变为基础的一组临床综合征。
药物、代谢异常、免疫、感染、血液系统疾病、梗阻性疾病以及肾移植排斥等均可引起慢性间质性肾炎。药物相关性慢性间质性肾炎应停用相关致病药物，如解热镇痛药、含马兜铃酸类中草药、环孢素或他克莫司等免疫抑制剂以及铝制剂等，根据病情酌情使用激素。代谢相关性慢性间质性肾炎主要是因为高尿酸血症、低钾血症、高钙血症等，应进行降尿酸、补钾、降钙等治疗。免疫相关因素包括干燥综合征、系统性红斑狼疮、血管炎、韦格纳肉芽肿、结节病等，主要针对原发病治疗，可以使用激素等。