肛瘘手术后伤口不愈合主要原因有以下几个方面：
1、窦道尚未形成而急于手术，使炎症扩散形成新窦道或脓腔而影响愈合；
2、病人体质过分虚弱或伴有糖尿病、肺结核、白血病或贫血等慢性疾病，创面长久难以愈合；
3、瘘管弯曲术后造成假瘘道或瘘管被残留或瘘道内坏死组织搔刮不净，造成创伤口难以愈合，甚至复发；
4、伤口缝合时留有间隙或死腔或缝合张力过大；
5、创口内留有异物如线头、棉絮，被周围肉芽组织包围，影响创面正常生长；
6、手术没有正确找到内口或处理内口不妥当、不正确，造成假内口，或即使找到内口，但未清除感染肛窦、肛腺和原发病灶，导致伤口经久不愈。
因此术后一定要注意对伤口护理，及时换药，促进伤口愈合。