肝小静脉闭塞综合征在临床上很难完全治愈，但是可以针对其并发症进行有针对性的处理。肝小静脉闭塞综合征主要由于肝小叶的中央静脉和小叶下静脉，因为炎症纤维化最终导致短腔闭塞，从而引起了一系列的临床表现。
肝小静脉闭塞综合征是因为导致了肝窦后的梗阻，最终引起门静脉高压症、肝硬化。临床上当患者出现明显的肝功异常，或者因为门脉高压症而导致食道胃底静脉曲张破裂出血、腹水等临床表现时，可以采取相应的处理。
此时可以针对肝功能异常给予保护肝细胞膜，减轻肝细胞炎症的药物，使肝功能得到一定程度的缓解。针对门脉高压症，对其并发症进行处理，预防和控制上消化道的大出血，改善腹水的形成，减轻腹水的症状。
但是对于肝小静脉闭塞综合征本身，缺少有针对性的处理。当因为肝小静脉闭塞综合征导致严重的肝硬化，肝功能失代偿时，可以考虑进行肝移植，肝移植可以彻底治好肝小静脉闭塞综合征。