艾滋病腹泻，通常发生在病程的第三期，称为艾滋病期，患者每天大便在3次以上，呈稀便或稀水样便，会伴有腹痛、恶心、呕吐、食欲不振，伴有发热，腹泻持续时间较长，一般在1个月以上。由于腹泻、发热、食欲减退，就会伴有消瘦，消瘦的速度较快，通常会减轻10%以上。
患者伴有乏力、消瘦、衰竭、精神萎靡不振，同时合并有机会性感染，比如肠道细菌感染，包括细菌性痢疾、痢疾杆菌感染、沙门菌感染，由于此类细菌感染，患者腹泻不容易控制。患者可能同时合并有其他器官感染，比如肺部感染、中枢神经系统感染，病毒或真菌造成皮肤的感染，会出现各种皮疹。