先天性胆道闭锁主要鉴别疾病是新生儿期肝炎，鉴别检查手段如下：
1、胆红素动态观察，如果持续上升提示为胆道闭锁，但重型肝炎合并肝外胆管阻塞时也可表现为逐渐上升，此时鉴别困难；
2、超声检查，主要是能否观察到胆囊。若胆囊很小，如1.5cm以下胆囊提示为胆道闭锁。如果发现胆囊正常，一般不支持胆道闭锁，而考虑肝炎。若B超能看到肝内胆管分布，则基本上排除胆道闭锁疾病，所以B超检查是胆道闭锁的一个重要筛查手段；
3、肝功能排泄试验，因为肝细胞对锝99二乙基-亚氨基二乙酸药有比较高摄取率，可以用于诊断结构异常所致胆道部分梗阻。在胆道闭锁早期，肝细胞功能还比较好，所以对此药摄取良好，五分钟内肝可以显影。但在胆道不显影，甚至药物摄取24小时后肠道内也不显影，因为胆汁要排泄到肠道，所以如果闭锁则不显影。如果是新生儿肝炎，肠道里有胆汁可以显影；
4、定量试验，脂蛋白X是一种低密度脂蛋白，在胆道梗阻时候升高，所有胆道闭锁病例脂蛋白X都升高，而且升高明显，且在日龄比较小时可以出现阳性。如果出生已经超过四周，脂蛋白X不升高，排除胆道闭锁。如果脂蛋白X定量超过500mg/dL，考虑胆道闭锁可能性比较大；
5、胆汁酸定量测试，胆道闭锁时血清总胆汁酸为107-294μmol/L，一般认为达到100μmol/L时候都属于淤胆。尿内胆汁酸为早期筛查手段，胆道闭锁时尿总胆汁酸平均为19.93± 7.53μmol/L，较正常患儿要大十倍左右；
6、胆道显影检查是诊断金标准，主要是ERCP，为消化内镜下逆行胆胰管造影，已经用于早期诊断。造影可以发现胆道闭锁，而且可以发现很多情况，比如有时发现胆胰管合流异常，胰管与胆管均显影，但肝内胆管不显影，也是胆道闭锁一种，提示肝内型闭锁；
7、磁共振胆胰管显影，即MRCP，相较于ERCP，属于无创式，观察胆胰管形态时可以替代ERCP的方法；
8、肝穿刺病理学检查，胆道闭锁穿刺组织活检主要表现为胆小管明显增生和胆汁淤栓，门静脉区域周围纤维化，但部分标本也可出现多核巨细胞，导致多核巨细胞增多，和肝炎鉴别比较困难；
9、腹腔镜探查手段既是一种手术方式，也是一种检查手段，但为有创手段。当肝外胆管闭锁时，可以探查到萎缩的胆囊及纤维化胆总管，既可以进行检查，也可以同时进行葛西手术治疗胆管闭锁。