经颅磁刺激在非禁忌的人群中应用，基本上没有伤害。经颅磁刺激是通过一种磁疗方法，将一定赫兹的磁线体传递给大脑皮层，从而改善大脑皮层的功能。一般分为2种，1种是＞1Hz，是兴奋性刺激；≤1赫兹属于抑制性刺激，根据不同病人的不同情况给予选择。
通常经颅磁刺激用于精神类疾病，如自闭症、抑郁症、精神分裂症等；也可以用于中风康复的病人，如偏瘫或者是出现语言功能障碍的患者，可以针对局部区域进行刺激，也可以用于其他康复患者的治疗。所以经颅磁刺激有适应证，而且刺激的是局部区域，不是整个大脑，对于一些功能区域进行刺激，对患者有帮助。
一般经颅磁刺激没有伤害，但是要注意禁忌证。经颅磁刺激是一种电磁，禁忌颅内有金属的患者，如部分人颅内有植入物，包括动脉夹，还有头皮的修补，或者是曾经有铁片类的物品进入大脑，或者有起搏器等，属于禁忌。另外，癫痫患者要注意，可能会存在癫痫触发的风险。