目前临床上器官移植的排斥反应有几种方法进行分类，按照类别分成急性排斥反应、超急性排斥反应、加速性排斥反应，以及属于亚临床性排斥反应及慢性排斥反应。
按照机理来说，分为体液性排斥反应与细胞性排斥反应。其中超急性排斥反应是因为体内预存抗体识别抗原，发生排斥反应。做完手术后马上移植物会出现缺血、血栓、急性坏死，无法逆转，必须将移植物切除；加速性排斥反应治疗较困难，最终结局可能要将移植物切除。
急性排斥反应发生行移植手术的半年左右，也可能发生于术后的任何时刻，排斥反应80%以上可逆转；慢性排斥反应目前没有特别好的办法进行治疗，可 能五六年、十多年后发生慢性移植物肾病。