双肾多发结石的治疗方法如下：
1、对于直径＜5mm的结石，可以进行相对保守的治疗方法，即多饮水，同时口服中成药进行辅助治疗，以促进结石的排泄；
2、对于直径在6-20mm的单发结石，可以进行体外碎石治疗。如果双肾多发结石中有1颗结石直径在6-20mm，也可以采取体外碎石的方法进行治疗；
3、对于直径在6-25mm的多发结石，可以采取输尿管软镜碎石术；
4、对于多发性肾结石，可以多打几个通道进行治疗。对于体积较大的结石，经皮肾镜的碎石排石的效率更高；
5、病因治疗，由于代谢性因素引起的双肾多发结石，需要给予全身性药物治疗。