肝内胆管结石的生长速度完全取决于患者基因及周围的环境，所以存在很大差异。有些患者肝内胆管结石可能存在几十年无任何变化，但有些患者1-2年内就会迅速出现改变。肝内胆管结石根据病程和病理不同，临床表现也是多方面的。早期可表现为局限在肝内某段肝管内的结石，随着发展，有些患者时间较长，有些患者时间很短，会遍及到肝内外胆管系统，甚至会出现并发症，包括胆汁性的肝硬化、肝萎缩、肝脓肿等。
肝内胆管结石临床表现十分复杂，最常见的是上腹部疼痛，主要、典型的是胆绞痛或持续性胀痛，有些患者还会出现寒战或发热，有长期胆道结石病史的患者可能出现皮肤和巩膜黄染。对于急性期患者，可能出现较严重的急性化脓性胆管炎三联征，即疼痛、发热、黄疸，甚至会出现生危险。