支气管结核又可称为支气管内膜结合，临床较少见。支气管内膜结合的治疗通常需依据支气管内膜结合的损害程度采取不同的治疗方法，具体如下：
1、抗结核治疗：大多数支气管内膜结合需接受全身正规的抗结核治疗，可三联或四联，治疗周期较浸润型肺结核治疗周期时间长，可能需12-18个月；
2、依据病理损害采取相应治疗：如支气管内膜结合导致管腔的狭窄，导致管腔中出现新生物肉芽肿，必要时需通过纤维支气管镜进行局部的抗结核治疗。若部分病灶较狭窄，可能还需通过手术安放支架的方式来协同、辅助对支气管内膜结合 的治疗。
支气管内膜结合的治疗主要是在鉴别以及诊断，因为支气管内膜结合在肺上看不到浸润的肺结核病灶，但临床症状持续存在，病原菌检查是支气管内膜结合诊断较有价值的检查。