肛瘘是在肛门内外的开口贯通形成的瘘道，肛瘘的开口分为内口和外口，距离如下：
1、内口：多位于肛窦处，一般在肛门内1-3cm的部分，如果外伤或者炎症性肠病引起感染，也可能在直肠的部位，位置更高；
2、外口：位置一般与炎症波及的范围和破溃位置有关，有的单纯低位肛瘘，破溃处常在肛门附近皮肤，而有的复杂性肛瘘外口，位置可能离肛门大约10cm甚至更长，或者有多个外口。
肛瘘尤其是外口距离肛门较远，却又伴有多个外口的复杂性瘘管，治疗非常棘手，有时甚至不能一次手术完成根治性治疗。需要将一个较为复杂的肛瘘，通过2次甚至多次手术，使 其由复杂多个外口的肛瘘，变为单纯性肛瘘，最后再进行根治性瘘管切除。而对于比较表浅的肛瘘，一般一次手术就可以达到根治性的效果。