口腔真菌感染为微生物感染，除发生在口腔，其他部位也较多，最常见的为脚癣，即脚气。对于真菌感染，需先进行化验明确是否为真菌感染。明确真菌感染后，可进行抗真菌治疗，而抗真菌药物分为局部含片或口服药。抗真菌药物种类特别多，在药物治疗的同时需寻找出现真菌感染的原因。如患者血糖高，或患者戴假牙、贫血、长期服用抗生素，此种情况较易出现真菌感染。故除用抗真菌药物来治疗口腔真菌感染，还需纠正引起口腔真菌感染的诱因，否则真菌感染较易复发。
目前对于口腔的真菌感染，效果最好、阳性率最高、最准确的化 验方法为进行唾液的真菌培养。将唾液提取在培养基上进行培养，若长出真菌，不但可判断存在真菌，还可判断真菌的类型。必要时还会对培养的真菌进行药物敏感试验，来确定最有效的抗菌药。