如果患者确实需要做肺核磁共振，往往使用对比剂增强的方法来评估肺部病变治疗疗效，如肺癌化疗，但患者确实又对CT碘剂过敏，所以只能使用核磁共振的钆剂进行肺部磁共振成像，但肺部磁共振成像效果要比CT差很多。
肺部疾病的检查首选的是肺部CT，不管是肺炎、肺肿瘤、肺血管畸形、肺先天发育畸形都首选CT检查。但是极少数患者因为不能耐受CT对比剂，可能对CT的碘对比剂过敏，但又需要影像学方法来评估治疗效果时，可以选择肺部磁共振成像，因为磁共振对比剂发生过敏的概率要比CT的对比剂碘剂过敏的概率要低很多。
在选择的方法上，并不是检查项目越贵，检查效果越好。肺部磁共振成像只 能作为CT成像补充，在极端特殊情况下，可以使用肺部磁共振检查来评价患者治疗疗效，病变是否侵及纵膈、心脏、胸壁。该情况下主要利用磁共振来评估疗效，但在诊断上确实是很少使用肺部磁共振进行检查。