部分轻度胃食管反流患者，出现生理性反流可能会自愈，如进食辛辣刺激性食物或饮酒后，或者部分孕妇怀孕期间，均可能出现。通过饮食调节，如适当少进食、早进食晚餐，改善生活习惯，或者口服4周左右的抑酸药物，如奥美拉唑，等待一段时间后胃食管反流即可自愈。
另外，存在1/3的胃食管反流是由于其它原因所引起，如食管裂孔疝，即膈肌裂孔的抗反流作用丧失，或食管自身扩清功能较差，不能将反流液及时清除，还可由于食管下端括约肌压力松弛引起，上述情况可能较难自愈，可能需要长期服药。形成药物依赖的患者可能需要手术治疗，使患者彻底摆脱抑酸药，从根本上将抗反流功能修复。