C13呼气试验和C14呼气试验的区别主要是使用材料不同，C14呼气试验有相对较弱的放射性物质，而C13呼气试验是较稳定的同位素，没有放射性，所以更安全，是新一代的试剂盒。理论上，孕妇、小孩都可以使用C13呼气试验进行幽门螺杆菌检测，而C14呼气试验在此类群体中需要禁止使用。
两者原理基本类似，通过呼吸试验能够判断出体内有无幽门螺杆菌感染，这种检查是目前使用最广泛、最方便诊断、相对最准确，用于诊断幽门螺杆菌感染的方法。如果发现幽门螺杆菌，建议用药物进行根除，通过根除治疗，能够防止将来出现胃溃疡、胃癌这些病变。
呼气试验检测是目前比较方便、在体检中能够大规模推广使用的方法，而C13呼气试验相对C14呼气试验更为安全，因此，目前多数医院都是使用C13呼气试验进行检测。