巨指症的治疗在不同阶段需要不同的处理，先要观察巨指症的生长速度，对于生长速度很快，而且出现偏斜的情况，应该要早期处理。
早期处理就是要做脂肪和神经松解，对于稍微大一点的患者，比如接近青少年的患者，这个时候可以做骨骺阻滞来减缓骨的变化。对于骨质生长已经停滞的患者，这个时候需要做截指术，或者是外形的重建术。
对于巨指症建议早期干预、早期处理，尤其是减容术、骨骺阻滞术，需要多次手术，经过多次的手术才能够比较有效的减缓它的生长速度，因此需要引起重视。
巨指症在每个年龄段，都需要进行定期的检查和定期随访，而且也要进行定期干预，最后才能够取得一个比较好的效果。