头孢克洛和头孢克肟只有一字之差，但是属于不同类别的头孢菌素类抗生素。头孢克洛和头孢克肟都属于头孢菌素类药物，抗菌机制相同，主要是通过抑制细菌细胞壁的合成，从而发挥抗菌作用，但头孢克洛属于第二代头孢菌素，头孢克肟属于第三代头孢菌素。
头孢克洛主要对革兰氏阳性菌具有较强的抗菌作用，头孢克肟是在革兰氏阴性菌方面，比头孢克洛的抗菌作用更强，抗菌谱也较强。比如头孢克洛对大肠埃希菌、肺炎克雷伯菌、产气肠杆菌等常见的革兰氏阴性菌都具有一定抗菌作用。在临床应用方面头孢克洛主要可以用于轻、中度的感染性疾病，比如呼吸道感染，包括扁桃体炎、支气管炎，也可以用于皮肤和软组织的感染、非复杂性尿路感染。头孢克肟的应用范围更加广，可以用于中度感染性疾病，在头孢克洛的基础上，临床应用更加扩大，可以用于腹腔感染，还可以用于其它革兰氏阴性菌导致的感染性疾病。