药流后有时会有残留，残留物是蜕膜组织，有时带有一部分的胚胎组织，多表现为烂肉样，表面红白相间，白色部分多为蜕膜或者胚胎组织，红色部位常是蜕膜组织上的血液。
药流之后2周要常规复查B超，有时B超会提示宫腔有较多残留，需要手术清宫。这部分患者大概占药流10%，如果是小残留且＜1-2cm时可以先给予药物治疗，如前列腺素类药物促进宫缩，部分患者通过药物治疗可以将残留物排出。如果药流当天没有看到孕囊排出，需要1周后复查B超。1周之内随时都有排出孕囊的可能，1周后复查B超，同样也是大部分患者会排出干净，只有一小部分患者有残留，可能需要手术清宫。