儿童结膜炎首先应明确病因，做好局部清洁并适当用药，疾病初期的治疗原则与成人相似，需根据患儿的病史、症状、分泌物特点、眼部表现等明确结膜炎的类型后选择不同的治疗方案。若分泌物较多，呈黄色，很黏稠，晨起的时候粘着上下睫毛，睁眼困难，则为结膜炎的明显特征，通常需进行抗菌处理。
细菌性结膜炎需使用妥布霉素、氧氟沙星等比较敏感的抗生素眼药水。病毒性结膜炎需使用更昔洛韦眼用凝胶等。过敏性结膜炎需使用抗组胺药物或稳定肥大细胞膜的药物，才能使患儿更快康复。在患儿用药时，需先使用干净的棉签将分泌物轻轻拭去，注意不要碰到眼球或角膜引起损伤。擦净后再将眼药水滴到结膜囊内，药物才能更好地涂布在眼表发挥作用。