甲状腺长在颈部，所以甲状腺手术切口在颈部，但具体位置要根据解剖结构而定。甲状软骨即喉结，甲状腺上界通常不会高于此处，顺着喉结向下可以摸到气管，顺着气管再向下可以摸到胸骨，在胸骨上面有浅窝，即胸骨上窝。胸骨上窝是确定甲状腺切口的解剖标志，通常甲状腺手术切口是在胸骨上窝2横指处做弧形切口。
手术切口两端通常是两侧胸锁乳突肌内侧，切口长度取决于患者颈部情况。如果患者颈部细长，两侧胸锁乳突肌宽度较窄，手术切口也较窄。如果患者颈部较短粗，手术切口也会随之延长。此外，手术切口也和甲状腺大小有关。如 果患者甲状腺较大，切口也要随之延长。还有一种手术是在腔镜下做甲状腺切除，手术切口在颈部看不到，通常是从腋窝和乳头入路，即在腋窝和乳头表面打几个几毫米的小孔。