注射用硫代硫酸钠主要是作为解毒剂，可以用于氰化物中毒的患者，还可以用于砷、汞、碘以及其他金属毒物中毒。
解毒作用主要是分子中所含有的硫发挥作用，硫能够在体内在相应酶的作用下，与氰化物所含的基团相结合，既可以与游离型的氰化物相结合，也可以和高铁血红蛋白相结合的氰化物相结合，可以形成低毒性的硫氢酸盐，从而随尿液排除体外，起到了解毒的作用，因此注射用硫代硫酸钠主要可以用于氰化物中毒患者的解救。
另外，也可以用于皮炎、湿疹的治疗，比如可以用于神经性皮炎或者是其他原因的皮炎。总之，注射用硫代硫酸钠主要的适应证和用途，就 是用于毒物的中毒解救。