一般全飞秒手术优于半飞秒手术，因为全飞秒激光不用制作角膜瓣，不易发生瓣的复位不良、瓣下混浊，且切口较小，不易发生感染。此外全飞秒激光为全程使用，飞秒激光切削较精准，对眼表的损伤较小，术后视力恢复较快。但全飞秒激光价格较昂贵，在患者的接受度上还需一定普及。
全飞秒激光，又称为飞秒激光小切口角膜基质透镜取出术，手术全程使用飞秒激光在角膜的基质层磨制透镜，再通过2mm左右的小切口取出镜片，从而改变角膜的屈光状态，使患者裸眼视力提升。而半飞秒激光结合飞秒激光和准分子激光，先用半飞秒激光，即用飞秒激 光制作角膜瓣，在瓣下通过准分子激光进行切削磨制，从而改变角膜的屈光状态。