正常肉芽不用修剪，因为肉芽是正常组织。但如果肉芽高于创面、高于皮肤之上，此时必须修剪，如果不修剪，皮肤爬不上去。肛瘘治疗原则是切开整个肛瘘，让坏死组织脱落，管壁坏死组织都会变成脓液流出来。当坏死组织全部脱落以后，会从基底部长出正常肉芽，只要不长虚即可。但是，如果都填满以后肉芽再长高，则需要修剪，因为只有修剪后，创口边上的皮肤才能往上爬，如果不处理肉芽，皮肤永远爬不上去。
许多患者在肉芽长得差不多就不再复查，几个月后仍然觉得大便时有血和疼痛感，此时才去医院就诊，往往因为肉芽长的比较多， 皮肤不能完全爬上去，达不到愈合的效果，才导致大便时有血、疼痛感，故肉芽多出的部分一定要修剪。