单纯性毛囊炎最好选择抗生素类药膏，如夫西地酸乳膏、莫匹罗星软膏、红霉素软膏、金霉素软膏等。毛囊炎通常是细菌感染引起的皮肤表现，所以用抗细菌的药膏可以起到比较好的效果。但是有一种特殊情况，即马拉色菌毛囊炎，好发于胸前部位，通常是多发绿豆大小的小丘疹，此类毛囊炎是真菌感染引起，此时用百多邦软膏、夫西地酸乳膏通常不能达到很好的治疗效果，此时需要使用抗真菌的药膏，如酮康唑、咪康唑类软膏，才能起到治疗的作用。
毛囊炎如果是单发且不是很严重，用外用药即可控制好。但如果是多发且病情较为严重，除了用外用药，最好还要配合口服抗生素进行治疗，首选的是二代的头孢类药物，如头孢呋辛，还要考虑是否对头孢类抗生素过敏。