运动后小腹疼痛的常见原因如下：
1、胃肠道或者是消化系统疾病：最常见，患者运动以后，胃肠道系统可能会出现肚子疼现象，此疼有时并不局限于小腹，但有小腹疼也较正常。小肠在肚子里活动范围比较大，如果运动后肠道不适，会有局部疼痛，而且有时可能也与下腹部肌肉韧带运动状态有关。出现此类情况，有时称为岔气，但是原因不唯一，还有其他方面原因；
2、泌尿系疾病：患者在运动后也有疼痛相关症状，比如前列腺炎、泌尿系结石性病变等疾病，运动以后结石可能 发生位置改变或者既往在肾里出现排石或者膀胱排到尿道里的情况时，都可能出现下腹疼痛症状。有时可以合并伴有腰部疼痛或者尿道临近的疼痛；
3、其他疾病：如女性要考虑有无妇科方面原因。