艾滋病咽炎和正常咽炎的病因以及症状不同。艾滋病咽炎是由于艾滋病病毒感染引起，患者会出现咽部疼痛症状，还会出现高热以及皮疹等。普通咽炎大部分由于上火以及咽部黏膜损害引起，患者不会出现皮疹。
艾滋病病毒可引起慢性特异性咽炎，患者会反复感染，不易治愈，以白色念珠菌感染最为常见，患者咽部红肿或溃疡，将白色黏膜刮片培养可见大量白色念珠菌。除白色念珠菌外，还可感染隐球菌、毛霉菌等。另外，艾滋病患者可以出现疱疹性咽炎，多由病毒感染引起，在咽部会有疱疹表现。
正常咽炎多由病毒或细菌感染引起，以咽喉黏膜充血、红肿、血管扩张、浆液性渗出为主要症状。普通病毒引起的咽炎大多具有自愈性，细菌引起的咽炎经过抗生素治疗也可以治愈。