当肾结石位于肾盂内未形成梗阻时，多数患者并没有明显的临床表现。形成局部梗阻的时候，患者可能会出现腰部的疼痛，疼痛一般比较局限，患者疼痛的性质是以隐痛、钝痛为主。
只有肾结石进入到输尿管内，形成急性的梗阻的时候，患者才会出现明显的肾绞痛症状，而典型的肾绞痛症状，患者表现为脊肋角和腰部的剧烈刀割样疼痛，并且疼痛会向下腹部放射。男性可以放射到阴茎头和睾丸等部位，而女性可以放射到阴蒂。
同时患者会出现血尿症状，多数患者也就是90%的患者，血尿表现为镜下血尿，而只有10%的患者会出现肉眼血尿，血尿发生的原因是结石的活动，导致黏膜的损伤。
如果结石形成梗阻以后合并了感染，患者会出现发热、寒战等全身症状，严重的时候会出现尿脓毒血症，甚至出现感染性休克。如果是孤立肾形成的梗阻，或者是双侧梗阻，患者可能会出现急性或慢性的肾后性肾功能不全。