颅底脊索瘤一般需要进行CT以及颅脑增强磁共振检查，有时需要进行颅脑CTA、MRA或MRV，甚至脑动脉造影。CT和颅脑增强磁共振主要观察肿瘤的部位、具体侵犯范围以及周围重要结构。颅底脊索瘤常会破坏颅底骨质，CT在对骨破坏的评估方面优于磁共振，但磁共振对肿瘤侵犯范围、周围结构的判断优于CT。
另外，颅底脊索瘤常会侵犯颅底颈内动脉、椎动脉、基底动脉，此时需要进行CTA，即动脉CT以及MRA检查，MRV主要评估肿瘤对静脉的侵犯情况。有时需要进行脑动脉造影，评估颅底动脉情况，以利于神经外科医师制定手术计划，保护此类结构。