PET-CT可以检查出癌症，但是并非所有癌症都能够通过PET-CT检查出。PET-CT采取同位素标记手段，所依赖的原理即肿瘤细胞本身是高代谢肿瘤，葡萄糖含量比较高，而PET-CT所采用FDG的特殊造影剂，能够提前发现体内葡萄糖摄取水平高的细胞。肿瘤细胞糖酵解能力强，所以PET-CT能够发现肿瘤细胞。
如果部分肿瘤本身代谢不活跃，PET-CT则不一定能够检查出。对于肝癌的患者或者部分特殊胃癌类型，比如胃印戒细胞癌或者增殖相对比较缓慢的癌症，以及特殊神经内分泌肿瘤，这类肿瘤糖酵解能力水平较低，可能使用PET-CT检查不一定能够检查出。