指甲分为甲沟、甲板，灰指甲是甲板受影响，而甲沟炎是在指甲根部、甲沟形成炎症。甲沟炎可以有两种情况，引起灰指甲的真菌引起叫做真菌性甲沟炎，还有甲根部位继发细菌感染，叫做细菌性甲沟炎，所以灰指甲跟甲沟炎是两个不同的概念。灰指甲可以继发甲沟炎改变，灰指甲是指甲的真菌感染。
而甲沟炎是指甲根部缝隙里面炎症的反应，如果是真菌性甲沟炎，局部可能分离，稍微红肿。甲根部、甲沟疼痛反应不会太明显，而细菌性甲沟炎甲沟位置会有明显红肿、热痛、压痛会很明显，甚至局部会化脓。有时看到明显脓的时候，会用刀片划一下，把脓排掉，炎症反应会消得快。但 有些反复细菌性甲沟炎，要担心继发真菌感染的问题。真菌性甲沟炎会引起指甲改变，造成甲真菌病，即灰指甲。