儿童再生障碍性贫血的预后与很多因素有关，包括临床表现、临床分型、骨髓衰竭程度以及所选择的治疗方法。目前由于对疾病的了解，预后越来越好，具体分析如下：
1、重型儿童再障：大部分患儿起病比较缓慢，临床表现主要是贫血、出血和感染。严重出血的患者，尤其是颅内出血、严重消化道出血的患者，病死率相对较高；
2、轻型儿童再障：由于骨髓抑制程度比较轻，全血细胞减少的程度轻，病情相对较轻，大部分患者的预后比较良好。儿童患者药物治疗效果比成人要好，早治疗比晚治疗的效果要好，规范化治疗比不规范化的治疗效果要好。支持治疗可以明显改善患者体质，预防感染，减短 病程，以及可以达到良好的效果；
3、致死性儿童再障：主要病因是严重感染以及颅内出血。一般治疗得当，绝大部分患者可以完全治愈。目前由于移植技术改进，重型和极重型儿童再障的疗效可以达到90%以上五年无病生存。