藿香正气水不能治疗灰指甲。藿香正气水是中医的经典的一个方子，它里面的成分有藿香、紫苏、陈皮、厚朴、茯苓皮等，它具有解表、化湿和中的作用。
临床上我们用藿香正气水来治疗，夏天突然受到的风寒感冒，或者夏天暑湿的感冒，引起的头痛、腹泻、呕吐、恶心等症状，藿香正气水是一个非常好的中成药。用来治疗灰指甲一般没有任何效果，因为灰指甲叫甲癣，它是由真菌感染引起侵犯到指甲的疾病，是比较顽固、比较难治的疾病。
临床上治疗灰指甲，可以口服抗真菌的药物，比如伊曲康唑、特比萘芬、氟康唑等，但是这些药对身体会有一定影响，比如可能会影响到肝功能、肾功能，所以这些药要在临床医生的指导下使用。