耐药性肺结核的确诊方法主要是通过痰检测，痰送检结核菌培养或快速培养同时做药敏试验来判断病人对结核药物是不是产生耐药性。缺点是需要比较长的时间，大概2个月左右才能够确诊。
另外，比较迅速的送检痰Xpert，这种方法一天左右可以出结果，缺点是费用比较高，但迅速可以得出是不是耐利福平。此外，可以送检病人的痰液或灌洗液做基因检测，基因检测出结果的时间是5-7天，可以判断患者是否出现异烟肼、利福平、乙胺丁醇和链霉素耐药情况。
通过这三种办法，大部分病人能够早期得到是否患有耐药肺结核。如果诊断耐药肺结核，要及时按照耐药肺结核来进行治疗，避免耽误病人病情。