咽拭子采集指的是用无菌的长棉棒擦拭被检测者的两侧腭弓、咽部和扁桃体，通过擦拭获取上呼吸道标本，并送检检测病原的方法，擦拭的部位就是两侧腭弓、咽部和扁桃体。
通常选择用咽拭子擦拭一侧后再擦拭另一侧，并且要在扁桃体上进行取样，还有就是咽部，之后才完成了整体咽拭子采样的过程。如果咽拭子采样时擦拭的部位不够准确或者擦拭的部位减少了，就会导致呼吸道标本采样的不完善或者不完全，可能会导致呼吸道标本中病原检测的不准确。
所以咽拭子采集时，进行咽拭子采集呼吸道标本的部位也要进行全面的擦拭 和采集，这样才能取到更完备的标本，也才能进行更精确的检查。任何病原的检测，标本的采集都至关重要。