彻底治愈男性HPV感染的治疗方法需根据病症进行选择，具体如下：
1、阴茎包皮尖锐湿疣：男性发生HPV感染时会出现阴茎包皮尖锐湿疣，出现乳头状或菜花样肿物，可以采用激光或电灼治疗。通过局部物理治疗后，在阴茎局部注射干扰素，多数病人HPV感染症状会彻底好转；
2、扁平疣：如HPV感染引起阴茎或其他部位扁平疣时也可以采用局部物理治疗，通常通过液氮冷冻或激光局部照射，或通过电刀局部电灼，在肿物灼伤后将肿物彻底烧灼干净，然后在肿物根部注射干扰素，可以彻底预防HPV病毒感染。HPV病毒感染通常需要注射干扰 素治疗，疗程在1-3个月左右；
3、鲍温氏病：病人出现HPV感染时还会引起鲍温氏病，在阴茎或阴茎根部会出现表面发黑的局部病毒瘤样肿物，出现上述症状时需局部使用液氮冷冻并配合局部注射干扰素治疗，多数病人HPV感染引起的上述症状会彻底好转。