临床中经常会监测C肽的浓度，因为C肽浓度可以间接反映胰岛素的浓度。因为二者是等量的，并且同时释放到毛细血管这个血液循环当中。
但是因为C肽不会被肝脏破坏，半衰期又明显比胰岛素长，所以平时测定血液中的C肽水平，能更好地反映胰腺β细胞合成和释放胰岛素的功能，即平时常说的胰岛功能、胰腺功能。所以，临床中常常用测定C肽帮助确定糖尿病的临床分型，因为C肽不受胰岛抗体的干扰。
同时，对接受胰岛素治疗的患者来说，也可以通过C肽的浓度判断患者的胰岛功能，指导下一步的方案制定。同时还可以帮助分析低血糖的原因，另外也有助于胰岛细胞瘤的诊断等。