甲硝唑漱口水主要用于防治口腔感染，主要的有效成分是甲硝唑，甲硝唑属于硝基咪唑类的抗菌药物，主要是针对厌氧菌，具有强大的抗菌作用。甲硝唑发挥作用，主要是通过分子中所含有的硝基，能够在无氧的条件下还原为具有细胞毒作用的基团，从而可以影响病原菌的代谢，起到抗菌的作用。
因此甲硝唑发挥抗菌作用，需要在无氧条件下，针对厌氧菌具有强大的抗菌活性，比较适合用于口腔感染，主要是因厌氧菌比较容易诱发口腔感染。在临床上，甲硝唑漱口水可以用于牙龈炎、牙周炎、冠周炎、牙槽脓肿等相关的口腔感染，起到抗菌、消毒的作用。此药物是漱口水，含漱之后要把漱口水吐出，通常不建议患者吞下服用。