真菌性角膜溃疡在临床体现为"症征分离"，即症状和体征完全不相符。患者症状相对于细菌性角膜溃疡和病毒性角膜溃疡较轻，常表现为疼痛、畏光、流泪，此时异物感、分泌物不明显，但医生检查时可发现角膜表面有较重的溃疡，甚至具有特征性，如牙膏样溃疡、卫星灶等，为真菌性角膜溃疡的特点。
同时真菌性角膜溃疡还有植物外伤史的特点，患病通常与植物相关，如下耕时被庄稼割伤或碰到角膜，以及游客被树枝、植物碰到角膜，造成角膜擦伤，这时可形成真菌性角膜溃疡。真菌性角膜溃疡的治疗与其他溃疡不同，需使用抗真菌药，如纳他霉素、氟康唑滴眼液等，才可达到治愈目的。