肾囊肿>5cm时就需要进行治疗，通常采取手术治疗。包括穿刺抽囊液、注射硬化剂、囊肿的去顶减压术，对于复杂性囊肿或者怀疑囊性肾癌的病人，此时可采取囊肿切除术进行治疗。
肾囊肿是由膨大的肾小管憩室长大而成，憩室和肾小管分离形成独立的小囊泡，此小囊泡有分泌功能，会逐渐分泌囊液，囊泡会逐渐增大，大到一定程度时，有可能对肾脏造成挤压。肾囊肿>5cm时会对肾脏造成一定的挤压，从而导致病人局部肾脏的肾功能丧失，还会导致病人出现肾积水、尿路感染等，部分情况下也会导致尿路结石形成。所以此时需进行治疗，治疗主要为外科治疗。