胃镜检查时间与患者年龄、胃部是否存在可疑病变、是否存在胃癌家族史等高危因素有关。常规体检无阳性表现的患者，每1-2年检查一次即可。如果存在反流性食管炎、明显萎缩、肠化、糜烂、胃十二指肠溃疡等疾病，在内科治疗后3个月至半年复查胃镜以观察疾病愈合情况。高度怀疑上消化道早癌病变的患者，可能需要在短期内进行胃镜检查，时间在数周至3个月不等。
少数为明确是否存在食管癌、胃癌等恶性肿瘤性疾病的患者，需要1-2周后复查胃镜以及活检。上消化道良性息肉性疾病应术后半年到1年左右复查胃镜。在内镜下进行黏膜剥离术治疗的患者应在治疗后3-6个月复查。进展期食管癌或 胃癌行外科手术的患者需要3-6个月复查胃镜，若病情保持稳定可以适当延长至1年左右复查一次。如果在间隔期间出现新症状，例如呕血、黑便、进食困难等，需要及时复查胃镜以明确病情进展和变化。