引起真菌性鼻窦炎的病因尚不明确，普遍认为与以下因素有关：
1、机体因素：通常认为真菌性鼻窦炎与雌激素水平下降以及长期应用抗生素、糖皮质激素、免疫抑制剂及放疗等有关。而部分慢性疾病，如糖尿病或烧伤，也会导致患者的机体抵抗力下降，易诱发真菌性鼻窦炎；
2、环境因素：湿热的环境利于真菌的生长，容易引起真菌性鼻窦炎。此外，若部分患者长期接触土壤、花盆、家禽等，患病率也会增高；
3、鼻腔局部因素：包括各种原因引起的过敏性鼻炎、慢性鼻炎及鼻中隔偏曲等，均会造成黏膜肿胀，通气引流不畅。致病菌易在上述患者的鼻窦内长期生存，引起真菌感染，而真菌性鼻窦炎的致病菌主要是真菌，包括毛霉菌、曲霉菌等。