肛门溃疡大多数情况与肛周感染有关，自身免疫性疾病也可出现肛周溃疡，如白塞氏病。对于白塞氏病这类自身免疫系统疾病，要在风湿免疫科进行疾病确诊，必要时会服用免疫相关药物，加快溃疡愈合。
如果肛门的溃疡由肛周脓肿、肛漏、肛裂等感染性疾病造成，对于这类溃疡治疗，要控制大便状态，保持大便柔软、湿润。可以很好减轻直肠、肛管负担，减少对局部黏膜与皮肤损伤，对于溃疡愈合较重要。
由于肛漏、肛裂等疾病较难自然愈合，必要时要采用手术，将炎症部位予以切除，并且配合应用抗生素加快炎症控制。因此对于肛周溃疡，如果能够除外免疫性疾病，大多是由感染疾病造成，通过切开引流、抗生素使用，大多会得到根治。