月经不调的原因较多，部分患者可以做试管婴儿。多数患者的月经不调可以通过药物治疗改善，如存在卵巢功能的暂时性失调，通过用药物改善卵巢功能后，即可实现规则的月经来潮，可以自然怀孕。月经不调的部分女性，做试管婴儿的成功率与正常女性相比，不会有较大幅度下降。这类患者如果有需求，建议尽快做试管婴儿。
部分女性属于顽固性月经失调，如多囊卵巢综合征患者，比较常见，比较顽固，用药物治疗以后，停药2-3个月会再次出现月经失调。如果是反复的多囊卵巢综合征，已经经过多次治疗仍然出现月经不调， 且已经尝试其他的受孕方式，仍然没有怀孕，则可以做试管婴儿。月经不调患者做试管婴儿不会受到影响，在做试管婴儿的过程中会应用药物控制月经周期，控制卵泡生长。